近江鉄道多賀線の多賀大社前にある多賀大社は伊邪那岐命、伊邪那美命を祀る。「お多賀杓子」と称し、お守りとして杓子を授ける慣わしがある。多賀大社の歴史は古く、『古事記』に「伊邪那岐大神は淡海の多賀に坐すなり」とあるのが多賀大社のことである。

延喜式神名帳に「近江国犬上郡 多何神社二座」と記載され、小社に列している。「二座」とあることから、この時代から伊邪那岐命・伊邪那美命二神が祀られていたことがわかる。社伝では、明応3年（1494年）、神宮寺として不動院（天台宗）が建立された。神宮寺配下の坊人が全国にお札を配って信仰を広め、中・近世には伊勢・熊野とともに庶民の参詣で賑わった。

「お伊勢参らばお多賀へ参れ お伊勢お多賀の子でござる」「お伊勢七度熊野へ三度 お多賀さまへは月参り」との俗謡もある。近江国が交通の結節点だったことも、隆盛の理由であろう。なお俗謡にある「お多賀の子」とは、伊勢神宮祭神である天照大御神が、伊邪那岐命、伊邪那美命両神の御子であることを指す。多賀大社は特に長寿祈願の神として信仰された。

東大寺再建の事業を行っていた８０歳の俊乗坊重源が、事業の成功祈願のため伊勢神宮に参籠していると、夢の中に天照大神が現れ「事業を成功するために寿命を延ばしたいのなら、多賀神に祈願せよ」と告げた。重源が多賀社に参拝すると、「莚」の字に虫が食った柏の葉が飛んできた。「莚」は「廿延」（廿は二十の意）と分解でき、「寿命が二十年延びる」と読める。２０年後、重源は東大寺再建事業を成し遂げ、当社へのお礼参りのとき、境内の石（現在は「寿命石」と呼ばれる）に座り込むと、眠るように亡くなったという。

多賀大社に豊臣秀吉が「３年、それがだめなら2年、せめて３０日でも」と母の延命を祈願し、それが成就したとして１万石を寄進、社殿を造営した。境内の太鼓橋は「太閤橋」とも呼ばれる。

多賀大社は明治4年（1871年）に県社兼郷社、明治18年（1885年）に官幣中社となり、大正3年（1914年）に官幣大社に昇格した。昭和22年、それまでの「多賀神社」から「多賀大社」に改称した。2002年（平成14年）から「平成の大造営」に取り掛かり、2005年現在、一部は竣工している。
多賀大社と近江鉄道のトピックですが、近江鉄道本線は、運行主系統が米原駅〜八日市駅〜近江八幡駅となった現在でも、米原駅〜貴生川駅（JR草津線）が正式な区間である。これは同鉄道の創立時、多賀大社と何かと縁の深い伊勢神宮に向けて、官鉄（国鉄）の草津線・関西本線・参宮線等を介し結ぼうとした名残だといわれている。